Полная инвентаризация проводится по всем товарам выбранного склада или магазина.
Необходимо создать документ инвентаризации на форме Склад - Инвентаризации с помощью кнопки Добавить.
В документе надо заполнить параметры:
Операция - выберите подходящую операцию Инвентаризация на магазине или складе. В зависимости от выбранной операции некоторые параметры заполнятся автоматически.
Склад - выберите из списка склад или магазин, на котором проводится инвентаризация.
Тип инвентаризации - будет заполнен в соответствие с настройками операции:
Товары по остаткам - при формировании сличительной ведомости программа будет сверять фактическое количество, указанное в описи, со всеми текущими остатками по складу (или по указанным группам для частичной инвентаризации)
Товары из описей - при формировании сличительной ведомости программа будет сверять фактическое количество, указанное в описи, с текущими остатками по складу товаров из описей. 
Также на итоги инвентаризации влияют следующие параметры:
Считать недостачу из товарного отчета - если отмечена, то сумма недостачи/излишков считается как разность фактического наличия и суммы по товарному отчету (сумма по товарному отчету = сумма приходов минус сумма расходов и если есть операции, которые не показываются в товарном отчете, то сумма по товарному отчету не будет совпадать с суммой по остатку), если признак не отмечен, то недостача/излишек считается как факт-сумма по остаткам. Сумма по факту считается как учетная цена*количество по описи.
Не проводить по товарному отчету - документ не будет учитываться в товарном отчете
Не изменять остатки - документ не вносит изменения в данные системы
Сумму остатка считать по цене - если отмечена, то сумма по остаткам=учетная цена*количество остатка. Если не отмечено, то сумма остатка берется из регистра.
По партиям - инвентаризация будет проводится с учетом партий товаров
Частичная - описано в статье Частичная инвентаризация.
Данные по Комиссиям, Руководстве и времени Снятия остатков используются в печатных формах. Комиссия выбирается из справочника комиссий.
После заполнения параметров их необходимо Сохранить, а затем перейти к созданию описей.