Для управления надбавками нам необходимо создать специальный вид цены.
Для этого заходим на форму Цены\Справочники\Виды цен
Нажимаем кнопку "Добавить расчетную цену"
Заполняем атрибуты и настройки Расчетного вида цены:
Слева в дереве классификатора можно установить основную надбавку для всех групп товаров или для каждой в частности:
Справа в общем списке товаров, можно установить надбавку для каждой отдельной позиции:
Нажимаем "Сохранить" или "ОК" для сохранения нашего нового вида цен в системе.