Признак использования разных цен для партий одного товара указывается для отдела магазина.

В карточке магазина, добавляя новый или редактируя существующий отдел,

добираемся до карточки отдела в которой ставим галочку "Использовать свои цены для каждой партии".

Сохраняем внесенные изменения.