Для управления надбавками нам необходимо создать специальный вид цены.
Для этого заходим на форму Виды цен модуля Цены
Нажимаем кнопку "Добавить расчетную цену"
Заполняем атрибуты и настройки Расчетного вида цены:
Слева в дереве классификатора можно установить основную надбавку для всех групп товаров или для каждой в частности:
Справа в общем списке товаров, можно установить надбавку для каждой отдельной позиции:
Нажимаем Сохранить или ОК для сохранения нашего нового вида цен в системе.